Wrth graidd gwm xanthan mae ei gadwyn polysacarid; mae ei asgwrn cefn yn cynnwys unedau glwcos wedi'u cysylltu â'i gilydd trwy - fondiau glycosidig 1,4 i ffurfio cadwyn hir, llinol. Mae strwythur llinellol yr asgwrn cefn hwn yn darparu sgaffald sefydlog ar gyfer y moleciwl cyfan, gan ei alluogi i gynnal ei drefniant rhyngfoleciwlaidd a'i gyfanrwydd strwythurol o fewn hydoddiannau dyfrllyd. Yr union asgwrn cefn sefydlog hwn sy'n caniatáu i gwm xanthan arddangos gludedd rhyfeddol a phriodweddau rheolegol rhagorol, hyd yn oed ar grynodiadau isel. Yn ymestyn o unedau glwcos penodol ar hyd yr asgwrn cefn hwn, mae'r moleciwl xanthan yn cynnwys cadwyni ochr trisacarid sy'n cynnwys mannose, asid glucuronic, a mannose. Mae'r gweddillion asid glwcwronig o fewn y cadwyni ochr hyn yn cynnwys grwpiau carbocsyl (–COOH), sy'n gallu ffurfio halwynau ag ïonau metel-fel sodiwm, potasiwm, neu galsiwm-a thrwy hynny yn trosi asid xanthan yn gwm xanthan. Mae'r cadwyni ochr hyn nid yn unig yn gwella strwythur sterig a hydoddedd y moleciwl ond hefyd yn gwaddoli gwm xanthan â nodweddion hylif an-Newtonaidd; mae hyn yn golygu bod ei hydoddiannau'n dangos mwy o hylifedd wrth gael eu troi neu eu cneifio, ond eto'n cadw eu cysondeb pan gânt eu gadael i sefyll.
Mae'r grwpiau carboxylate o fewn gwm xanthan yn ganolog i'w ymarferoldeb moleciwlaidd. Trwy ffurfio bondiau ïonig ag ïonau metel, mae gwm xanthan yn cael ymwrthedd i asidau, basau a halwynau, yn ogystal â rhywfaint o sefydlogrwydd thermol. Mae'r grwpiau halen hyn yn cryfhau sefydlogrwydd y moleciwl mewn amgylcheddau dyfrllyd, gan ei alluogi i gynnal ei strwythur colloidal o dan amodau cymhleth wrth gyflwyno ystod amrywiol o swyddogaethau, gan gynnwys emwlsio, atal a thewychu. O ganlyniad, mae gwm xanthan yn gwasanaethu ar yr un pryd fel polysacarid polymerig a deunydd ymarferol sy'n seiliedig ar halen, sy'n dal gwerth sylweddol ac yn cael ei gymhwyso ar draws y sectorau bwyd, fferyllol, cosmetig a diwydiannol.
